契約書に「自然に生じた汚れも借主が負担する」というような特約があった場合は、それにかかった費用が敷金から差し引かれてしまうのでしょうか？

この点について、大阪高裁は、「消費者に一方的に不利益な特約は無効である」と規定している消費者契約法を適用して、このような特約は無効であり、自然に生じた汚れについてまで借主が負担する必要はないと判断しています。

家主がどうしても敷金を返還してくれない場合には、少額訴訟を提起するとよいと思われます。

少額訴訟の審理というのは、原則として一回で終了しますので、比較的短期間で結論が出るといえます。