共有の住宅を連帯債務で取得しました。
共有者の住宅ローン控除の対象になる借入金の額は、その住宅の共有持分割合や負担割合によって決まっています。
その後の返済額負担割合が当初とは異なることになった場合に、住宅ローン控除の対象になる借入金の年末残高はどのようになるのでしょうか？

共有の住宅を連帯債務で取得した場合の借入金や債務の金額は、その住宅の共有持分割合や頭金の負担割合に基づいて配分されます。

よって、住宅ローン控除を受ける各年の年末残高の額についても、その配分された割合に応じて有するものとして住宅ローン控除の計算をすることになります。

その場合は、住宅ローン控除の対象になる年末残高の額は、共有者2人とも1,250万円（2,500万円×50％）になります。

ちなみに、3,000万円が2,500万円になったということは、年末までに500万円が返済されているわけですが、この返済については必ずしも共有者2人が半分ずつ返済したとは限りません。

しかしながら、住宅ローン控除の計算上は半分ずつ返済したものとして計算することになります。

以下のように、夫婦が連帯債務の借入金で住宅を購入した場合、住宅ローン控除の対象になる借入金はどのように計算するのですか？
○住宅と敷地の購入額（夫婦2分の1ずつの共有）・・・5,000万円
○頭金・・・500万円（夫と妻とで6：4の割合で負担）
○借入金（夫婦の連帯債務）・・・4,500万円（夫と妻とで6：4の割合で負担）

連帯債務の場合には、その負担について当事者間の内部的契約がどのように決められているかによって、住宅ローン控除の対象になる金額が変わってきます。

その場合、夫が負担すべき借入金の額は4,500万円の60％の2,700万円になりますが、夫が自分の住宅の持分を取得するための借入金として負担すべき額は、そのうち2,250万円（4,500万円×50％）だけなので、夫の住宅ローン控除の対象になる借入金は2,250万円ということになります。

ちなみに、このときの差額450万円（2,700万円−2,250万円）は何のための借入金かといいますと、妻の住宅の持分の取得のために夫が妻に代わって負担する夫の借入金ということになります。

一方、妻の方ですが、450万円は夫が代わりに負担することになっていますので、自分の住宅の持分を取得するために実質的に負担する借入金は1,800万円（2,250万円−450万円）だけとなります。

これで妻は、自己の借入金1,800万円と夫からの受贈金450万円との合計額2,250万円を自己の住宅の持分の取得資金に充てたことになります。