独立行政法人都市再生機構から割賦譲渡によって住宅を購入しました。
住宅を即金で購入すれば4,000万円程なのですが、機構の分譲住宅譲渡契約書上の「割賦譲渡代金の額」として6,000万円と表示されています。
この場合、住宅ローン控除の計算をする際に、住宅借入金等の年末残高の額や住宅の取得対価の額はどのように計算すればよいのでしょうか？

住宅ローン控除の計算では、住宅取得資金についての住宅借入金等の金額の年末残高を基にして計算することになっています。

そして、この年末残高というのは、借入金や債務の元金部分に対応する金額をいいますので、利息相当額や事務手数料などは含まれないことになります。

機構から購入した住宅について住宅ローン控除を受ける場合ですが、機構が発行する「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」の記載内容に従って計算すればOKです。

ちなみに、独立行政法人都市再生機構が割賦支払の方法で住宅等を譲渡する場合には、分譲住宅の「割賦譲渡代金の額」は、元金相当額だけでなく、貸金利子や分譲事務費、貸倒損失の引当てを含めて計算しています。

なので、機構が発行する「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」上では、「住宅借入金等の金額」欄の「当初金額」と「年末残高」については、元金相当額を基にして表示することにしているのです。

また、「居住用家屋の取得対価等に相当する額又は増改築等に要した費用の額」欄には、住宅ローン控除の対象になる住宅とその敷地の取得額の合計額を表示することにしています。

機構以外のものも含めた住宅借入金等の年末残高の合計額が、住宅とその敷地の取得額の合計額を超える場合には、住宅と敷地の取得額の合計額に相当する部分のみが控除の対象になります。